Učinkovitost četiri ispitivanja pojačanja nukleinske kiseline za identificiranje SARS-COV-2 u Etiopiji

Hvala vam što ste posjetili prirodu.com. Koristite verziju preglednika s ograničenom CSS podrškom. Za najbolje iskustvo, preporučujemo da koristite ažurirani preglednik (ili onemogućite način kompatibilnosti u Internet Exploreru). Osim toga, kako bismo osigurali stalnu podršku, prikazujemo web mjesto bez stilova i JavaScript.
Prikazuje vrtić od tri dijapozitiva odjednom. Upotrijebite prethodne i sljedeće gumbe za kretanje kroz tri dijapozitiva istovremeno ili pomoću klizačkih gumba na kraju krenite kroz tri dijapozitiva odjednom.
Od izbijanja koronavirusne bolesti 2019. (COVID-19), razvijeni su mnogi testovi za pojačavanje nukleinskih kiselina (NAATS) širom svijeta i postali su standardni testovi. Iako je nekoliko testova brzo razvijeno i primijenjeno na laboratorijskim dijagnostičkim testovima, izvedba ovih testova nije procijenjena u različitim postavkama. Stoga je ova studija imala za cilj procijeniti performanse Abbott SARS-COV-2, DAAN gena, BGI i SanSure Biotech testova pomoću kompozitnog referentnog standarda (CRS). Studija je provedena u Etiopskom javnom zdravstvenom institutu (EPHI) od 1. do 30. prosinca 2020. 164 Nazofaringealni uzorci su ekstrahirani pomoću QIAamp RNA mini kompleta i Abbott DNK sustava za pripremu uzoraka. Od 164 uzorka, 59,1% je bilo pozitivno, a 40,9% negativno na CR. Sansure biotehnološka pozitivnost bila je značajno niska u usporedbi s CRS -om (P <0,05). Sansure biotehnološka pozitivnost bila je značajno niska u usporedbi s CRS -om (P <0,05). PolofilьNele REзULYATы SANSURE BIOTECH BLITECH BLIHLITELYITLELьNO NINEE POPOVNENINE SOVNENI S CRS (P <0,05). Pozitivni rezultati SanSure Biotech bili su značajno niži u usporedbi s CRS -om (P <0,05).与 CRS 相比 ， sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0,05）。与 CRS 相比 ， sansure Biotech 的阳性率显着较低（ p <0,05）。 Usrusni biotech bыlo зnaitelьnonO mEnшe poloriatelьnnых rreзulьtatov na asravneю s crs (p <0,05). Sansure Biotech imao je značajno manje pozitivnih rezultata u usporedbi s CRS -om (P <0,05).Ukupni dogovor četiri analize bio je 96,3–100% u usporedbi s CRS -om. Pored niske stope pozitivnosti testa SanSure Biotech, performanse četiri ispitivanja bila je gotovo usporediva. Kao takav, test SanSure Biotech [samo istraživanje (RUO)] zahtijeva dodatnu validaciju za njegovu upotrebu u Etiopiji. Konačno, treba razmotriti dodatna istraživanja kako bi se procijenile testove s tvrdnjama odgovarajućih proizvođača.
Laboratorijska ispitivanja dio je Svjetske zdravstvene organizacije (WHO) Strateškog plana za koronavirusnu bolest 2019 (COVID-19) spremnost i odgovor (SPRP). Tko savjetuje da zemlje trebaju izgraditi laboratorijski kapacitet za poboljšanje spremnosti, pravilno upravljanje slučajevima, budnost i brzi odgovor na izazove javnog zdravlja. To sugerira da je uloga laboratorija ključna za karakterizaciju bolesti i epidemiologije novih zaraznih sredstava i kontrolu njihovog širenja.
Dijagnoza COVID-19 zahtijeva epidemiološke i medicinske podatke, osobne simptome/znakove te radiografske i laboratorijske podatke2. Otkako je u Wuhanu u Kini zabilježeno izbijanje Coid-19, razvijeni su mnogi testovi za pojačavanje nukleinskih kiselina (NAATS) širom svijeta. Lanarska reakcija polimeraze reverznog transkripcije u stvarnom vremenu (RRT-PCR) korištena je kao rutinska i standardna metoda za laboratorijsku dijagnozu teške akutnog respiratornog sindroma 2 (SARS-COV-2) 3 infekcije. Molekularno otkrivanje SARS-COV-2 obično se temelji na N (nukleokapsidni protein gen), E (gen proteina omotnice) i RDRP (RNA-ovisni RNA polimerazni gen) gena u ORF1A/B (Otvoreni okvir za čitanje 1A/B). gen) regija identificirana iz virusnog genoma. Smatraju se glavnim očuvanim regijama koje se nalaze u virusnim genima za prepoznavanje virusa4. Među tim genima, RDRP i E geni imaju veliku analitičku osjetljivost detekcije, dok N gen ima nisku analitičku osjetljivost5.
Učinkovitost PCR testova može se razlikovati ovisno o različitim čimbenicima kao što su: reagensi za ekstrakciju, reagensi za pojačavanje/detekciju, metoda ekstrakcije, kvaliteta PCR stroja i drugih instrumenata. Od travnja 2020. godine, više od 48 različitih dijagnostičkih uređaja iz devet zemalja primilo je autorizaciju hitne upotrebe (EUA) za dijagnostiku Covid-196. U Etiopiji se više od 14 PCR platformi u stvarnom vremenu koristi za PCR otkrivanje SARS-COV-2 u 26 javnih zdravstvenih ustanova, uključujući ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 i Quant-Studio7. Pored toga, dostupni su različiti PCR testni setovi, kao što su Daan Gene Test, Abbott SARS-COV-2 test, SanSure Biotech test i SARS-COV-2 BGI test. Iako je RRT-PCR vrlo osjetljiv, neki bolesnici s CoIDD-19 prijavljuju lažne negativne rezultate zbog nedovoljnih kopija virusne ribonukleinske kiseline (RNA) u uzorcima zbog nepravilnog prikupljanja, transporta, skladištenja i rukovanja te laboratorijskog ispitivanja. Uvjeti i postupci osoblja8. Pored toga, uzorak ili kontrola pogrešnog postupka, postavljanje praga ciklusa (CT) i unakrsna reaktivnost s drugim patogenim nukleinskim kiselinama ili neaktivnim/rezidualnim SARS-COV-2 RNA mogu dovesti do lažnih pozitivnih rezultata u testovima RRT-PCR9. Dakle, jasno je da PCR testovi doista mogu identificirati nosače fragmenata gena, jer ne mogu čak ni razlikovati uistinu aktivne virusne gene, tako da testovi mogu identificirati samo nosače, a ne bolesnike10. Stoga je važno procijeniti dijagnostičke performanse pomoću standardnih metoda u našem okruženju. Iako su mnogi NAAT reagensi dostupni na Etiopskom javnom zdravstvenom institutu (EPHI) i u cijeloj zemlji, još nije zabilježena komparativna procjena njihove učinkovitosti. Stoga je ova studija imala za cilj procijeniti komparativne performanse komercijalno dostupnih kompleta za otkrivanje SARS-COV-2 pomoću RRT-PCR-a pomoću kliničkih uzoraka.
U ovu su studiju uključeno ukupno 164 sudionika s sumnjom na Coidd-19. Većina uzoraka bila je iz centara za liječenje (118/164 = 72%), dok je preostalih 46 (28%) sudionika bilo iz centara za ne liječenje. Među sudionicima koji nisu liječeni u centru, 15 (9,1%) je imalo klinički sumnjive slučajeve, a 31 (18,9%) kontaktiralo potvrđene slučajeve. Devedeset i tri (56,7%) sudionika bili su muškarci, a srednja (± SD) dob sudionika bila je 31,10 (± 11,82) godina.
U ovom su istraživanju određene pozitivne i negativne stope od četiri ispitivanja za Coid-19. Dakle, pozitivne stope testa Abbott SARS-COV-2, Daan Gene 2019-NCOV test, SARS-COV-2 BGI test i Sansure Biotech 2019-NCOV bio je 59,1%, 58,5%, 57,9% i 55,5%. Pozitivni i negativni kompozitni referentni standard (CRS) rezultati su bili 97 (59,1%) i 67 (40,9%), respektivno (tablica 1). U ovom istraživanju, definicija CRS -a temeljila se na "bilo kakvom pozitivnom" pravilu, pri čemu su od četiri rezultata ispitivanja dva ili više rezultata ispitivanja koji su dali isti rezultat smatrana istinitim pozitivnim ili negativnim.
U ovom istraživanju otkrili smo negativan postotni sporazum (NPA) od 100% (95% CI 94,6–100) za sve analize u usporedbi s CRS -om. Sansure biotehnološka analiza pokazala je minimalni PPA od 93,8% (95% CI 87,2-97.1), a analiza DAAN gena 2019-NCOV imala je ukupni sporazum od 99,4% (95% CI 96-99,9). Suprotno tome, ukupni sporazum između ispitivanja SARS-COV-2 BGI i testa SanSure Biotech 2019-NCOV bio je 98,8%, odnosno 96,3% (Tablica 2).
Cohenov Kappa koeficijent sporazuma između rezultata ispitivanja CRS i Abbott SARS-COV-2 bio je u potpunosti konzistentan (K = 1,00). Slično tome, Cohenove vrijednosti Kappa koje su otkrile Daan Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI i Sansure Biotech 2019-NCOV također su u potpunosti u skladu s CRS-om (K ≥ 0,925). U ovoj komparativnoj analizi, hi-kvadrat test (McNemar test) pokazao je da su rezultati ispitivanja SanSure Biotech 2019-NCOV značajno razlikovali od rezultata CRS-a (P = 0,031) (tablica 2).
Kao što je prikazano na Sl.1 Postotak najniže vrijednosti CT (<20 CT) testa Abbott SARS-COV-2 (kombinirani RDRP i N gen) bio je 87,6% i ORF1A/B gena CT vrijednosti SanSure Biotech 2019-NCOV testa pokazalo je da je postotak niske CT (30 CT) bio 50,3%. 1 Postotak najniže vrijednosti CT (<20 CT) testa Abbott SARS-COV-2 (kombinirani RDRP i N gen) bio je 87,6% i ORF1A/B gena CT vrijednosti SanSure Biotech 2019-NCOV testa pokazalo je da je postotak niske CT (30 CT) bio 50,3%.Kao što je prikazano na Sl.1, PROLENNT NAIMENшEGO зNaчeni Ct (<20 ct) Anijalia Abbott SARS-COV-2 (KOMINIROVENNNNNN RDRS RDNS, aS-a. Orf1a/b analia sansure biotech 2019-ncov pOKALOALO чTO PRORHENNT NIFOGOGOGOGOGOGOGOGENIJA CT (<20 ct), a 360-aKo-aKaK-a, SOSTAVLALO 3,2%. 1, postotak najniže vrijednosti CT vrijednosti (<20 CT) ABBOTT SARS-COV-2 (kombinirani gen RDRP i N) bio je 87,6%, a vrijednost gena CT ORF1A/B gena Sansure Biotech 2019-NCOV pokazala je da je postotak niske vrijednosti CT-a, i <20 CT).如图 1 所示 ， Abbott SARS-COV-2 检测（结合 RDRP 和 N 基因）） 的最低 CT 值百分比（ <20 CT） 为 87,6%， SANSURE BIOTECH 2019-NCOV 检测的 ORF1A/B 基因 CT 值显示低 CT 值 (<20 CT) 的百分比为 50,3%， 高 (<20 Ct) 的百分比为 (<20 ct) 的百分比为 (<20 ct) As shown in Figure 1, the lowest Ct value percentage (< 20 Ct) of Abbott SARS-CoV-2 test (combination of RdRp and N gene) is 87.6%, the ORF1a/b gene Ct value of Sansure Biotech 2019-nCoV test shows low Ct值(< 20 Ct) 的 percentage is 50.3%, 高Ct 值(36–40 Ct) 的 percentage is 3,2%. Kak-anon-a RriSunke 1, Anija Abbott Sars-cov-2 (SOчETAющIй RDRP I N) IMEL SAMOE ON ( Ras 87,6%, a зnaenie ct gena orf1a/b v isledovanija sansure biotech 2019- Aanaliз ncov-al-al-al-al-al-al-a ct. Kao što je prikazano na slici 1, test Abbott SARS-COV-2 (kombiniranje RDRP i N gena) imao je najniži postotak CT vrijednosti (<20 CT) na 87,6%, dok je CT vrijednost gena ORF1A/B u istraživanju Sansure Biotech 2019-analiza NCOV-a pokazala nizak CT. PROLENT зNaчeni (<20 ct) SOSTAVIL 50,3%, A PROLENTNTVNT VOKITHIх зNaчeni CT (36–40 CT), Postotak vrijednosti (<20 CT) bio je 50,3%, a postotak visokih vrijednosti CT (36–40 CT) bio je 3,2%.Abbott SARS-COV-2 B test zabilježio je CT vrijednosti iznad 30. S druge strane, na BGI SARS-COV-2 test ORF1A/B gen imao je visoku CT vrijednost (> 36 CT) postotak je bio 4% (Sl. 1). S druge strane, na BGI SARS-COV-2 test ORF1A/B gen imao je visoku CT vrijednost (> 36 CT) postotak je bio 4% (Sl. 1). S DrugOй STORNONы, VENALINE BGI SARS-COV-2 GEN ORF1A/B IMELSOKOE зNAчENI CT (> 36 CT), PROSLOTLOHLORLORLO. S druge strane, u analizi BGI SARS-COV-2 gena ORF1A/B imao je visoku CT vrijednost (> 36 CT), od kojih je postotak bio 4% (Sl. 1).另一方面 ， 在 BGI SARS-COV-2 检测中 ， ORF1A/B 基因具有高 CT 值（> 36 CT） 的百分比为 4%（图 1）。 S druge strane, u otkrivanju BGI SARS-COV-2, postotak gena ORF1A/B s visokom CT vrijednosti (> 36 CT) je 4% (Slika 1). S DRUGOй STORNы, ANALINE BGI SARS-COV-2 PROLENNT GENOV ORF1A/B S VIMIMIMIMIISIJIJA CT (> 36 CT). S druge strane, u analizi BGI SARS-COV-2, postotak gena ORF1A/B s visokim vrijednostima CT (> 36 CT) bio je 4% (Sl. 1).
U ovom istraživanju uzeli smo 164 uzorka nazofaringea. Za sve vrste ispitivanja, izolacija i pojačavanje RNA provedena je korištenjem metoda i kompleta koje preporučuju odgovarajući proizvođači.
Ova studija pokazala je da Abbottov test za SARS-COV-2 ima iste performanse otkrivanja kao i CRS, sa 100% pozitivnom, negativnom i ukupnom usklađenom. Cohenov sporazum o Kappa je 1,00, što ukazuje na potpuni dogovor s CRS -om. Slična studija Sveučilišta u Washingtonu u SAD-u otkrila je da je ukupna osjetljivost i specifičnost Abbottovog testa za SARS-COV-2 bila 93%, odnosno 100%, u usporedbi s laboratorijskim ispitivanjem (LDA) CDC-a. 11. Abbott SARS-COV-2 sustav za otkrivanje temelji se na istodobnom kombiniranom otkrivanju N i RDRP gena, jer su oba gena osjetljiviji, minimizirajući lažne negative12. Studija u Beču, Austrija je također pokazala da velike količine uzoraka ekstrakcije i količine eluenta za otkrivanje minimiziraju efekte razrjeđivanja i povećanu učinkovitost otkrivanja13. Dakle, Abbottov savršeni podudaranje za SARS-COV-2 test može se povezati sa sustavom za otkrivanje platforme koji istovremeno otkriva kombinatorne gene, ekstrahira veliki broj uzoraka (0,5 ml) i koristi veliku količinu eluenta (40 µL).
Naši rezultati također su pokazali da je performanse detekcije genetskog testa Daan gotovo jednaka CRS -u. To je u skladu s studijom14 provedenom na Sveučilištu Anhui u Huainanu u Kini i tvrdnjom proizvođača 100% pozitivnog sporazuma. Unatoč izvješćima o konzistentnim rezultatima, jedan je uzorak bio lažno negativan nakon ponovnog testiranja istog eluata, ali bio je pozitivan u testovima Abbott SARS-COV-2 i Sansure Biotech NCOV-2019. To sugerira da može postojati varijabilnost rezultata u različitim vrstama ispitivanja. Ipak, u studiji provedenoj u Kini15, rezultat testa gena Daan bio je značajno drugačiji (p <0,05) u usporedbi s njihovim referentnim testom definiranim u laboratoriju. Ipak, u studiji provedenoj u Kini15, rezultat testa gena Daan bio je značajno drugačiji (p <0,05) u usporedbi s njihovim referentnim testom definiranim u laboratoriju. TEM -MENEE, VISLEDOVANII, PROVEDNNOM VKITAE15, REзULYAT ANALINA LABORATORNOGO эTALONNOGO ANALIA. Međutim, u studiji u Kini15, rezultat analize Daan Genea bio je značajno drugačiji (p <0,05) od njihove laboratorijske referentne analize.然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（ p <0,05）。然而 ， 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0,05 Udnakov isledovani, puldenum vKiTae15, reзutat genetikogogogogogogogogo -aTa з -a Sravneni su e eGo эTaloNnnM lAboratORnыMoTaSTOM. Međutim, u studiji u Kini15, rezultati Daanovog genetskog testa bili su značajno različiti (P ​​<0,05) u usporedbi s njegovim referentnim laboratorijskim testom.Ova odstupanja može biti posljedica osjetljivosti referentnog testa za otkrivanje SARS-COV-2, a daljnje studije mogu biti važne za utvrđivanje uzroka.
Pored toga, naša je studija procijenila komparativnu učinkovitost SARS-COV-2 BGI testa s CRS-om, pokazujući izvrstan pozitivni postotni sporazum (PPA = 97,9%), negativni postotni sporazum (NPA = 100%) i ukupni postotak sporazuma od spola (OPA). ). = 98,8%). Cohenove vrijednosti Kappa pokazale su dobar dogovor (k = 0,975). Studije u Nizozemskoj16 i China15 pokazale su dosljedne rezultate. SARS-COV-2 BGI test je test detekcije jednog gena (ORF1A/B) pomoću 10 uL pojačanja/detekcije eluata. Unatoč dobrom statističkom dogovoru s našim referentnim rezultatima, analiza je propustila dva pozitivna uzorka (1,22%) ukupnog uzorka. To može imati ogromne kliničke implikacije na dinamiku prijenosa i na razini pacijenta i na zajednici.
Druga komparativna analiza uključena u ovu studiju bila je Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO) test; Ukupni postotak podudaranja bio je 96,3%. Snagu sporazuma utvrdila je i Cohenova vrijednost Kappa, koja je iznosila 0,925, što ukazuje na potpuni dogovor s CRS -om. Opet, naši su rezultati identični studijama provedenim na Sveučilištu Central South u Changsha, Kina, te na Odjelu za kliničku laboratoriju za Narodnu bolnicu Liuzhou, grad Liuzhou, Kina17. Iako je zabilježena gornja dobra statistička usklađenost, test hi-kvadrat (MacNemar test) pokazao je da je rezultat testa SanSure Biotech imao statistički značajnu razliku u usporedbi s CRS-om (P <0,005). Iako je zabilježena gornja dobra statistička usklađenost, test hi-kvadrat (MacNemar test) pokazao je da je rezultat testa SanSure Biotech imao statistički značajnu razliku u usporedbi s CRS-om (P <0,005). NeesMotra, na to, ч BOBIKSIROVANO UKAHANNOE (kriterij MAKNERAR) PROKALAL, ч TO REзULYAT AANALIA SANSURE BIOTECH IMEETATSISTISTISTI (CRINSISISINA 0,005). Iako je zabilježen dobar statistički sporazum, test hi-kvadrat (McNemar test) pokazao je da je rezultat testa Sansure Biotech imao statistički značajnu razliku u usporedbi s CRS-om (p <0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验（ MacNemar 检验） 表明 ， Sansure Biotech 检测的结果与 CRS 相比具有统计学显着差异（ P <0,005）。尽管 记录 了 上述 上述 良好 统计 一致性 一致性 ， 但 检验 （（ （（ MacNemar 检验 表明 ， ， sansure Biotech 检测 结果 与 与 CRS 相比 具有 显着 显着 （（ （（ p <0,005 。。。。。。。。。。。。。。。。。。。））） NesSotRe na omethennoe хoroшeeeeatistijkoe jeoTitTiee, kritarij-х-хK) STATISTIHESKISKIHIMIMUю RASNI (P <0,005) MEжDY ANALIMOM SANSURE BIOTECH I CRS. Unatoč gore navedenom dobrom statističkom sporazumu, test hi-kvadrat (McNemar test) pokazao je statistički značajnu razliku (p <0,005) između testa Sansure Biotech i CRS.Otkriveno je da je šest uzoraka (3,66%) lažnih negativa u usporedbi s CR -om (dopunska tablica 1); To je vrlo važno, posebno s obzirom na dinamiku prijenosa virusa. Gornji podaci također podržavaju ovu nisku stopu otkrivanja15.
U ovom istraživanju, vrijednosti CT određene su za svako ispitivanje i odgovarajuću platformu, s najnižom srednjom vrijednosti CT-a zabilježenom u testu Abbott SARS-COV-2. Ovaj rezultat može biti povezan s Abbottovim istodobnim kombiniranim sustavom genetskog ispitivanja za otkrivanje SARS-COV-2. Stoga, prema slici 1, 87,6% rezultata Abbott SARS-COV-2 imalo je CT vrijednosti ispod 20. Samo mali broj rezultata uzorka (12,4%) bio je u rasponu od 20-30. CT vrijednosti iznad 30 nisu zabilježene. Pored Abbottove uporabe formata genetskog ispitivanja ploče SARS-COV-2, ovaj rezultat može biti povezan s nižom granicom detekcije (32,5 RNA kopije/ml) 18, što je tri puta niže od donje granice tvrtke od 100 RNA kopija/ml. ml) 19.
Ova studija ima određena ograničenja: Prvo, nemamo standardne/referentne metode [poput virusnog opterećenja ili drugih laboratorijskih testova (LDA)] zbog nedostatka resursa. Drugo, svi uzorci korišteni u ovom istraživanju bili su nazofaringealni brisači, dok rezultati nisu bili primjenjivi na druge vrste uzoraka, a treći, veličina uzorka bila je mala.
Ova studija uspoređivala je performanse četiri RRT-PCR testova za SARS-COV-2 koristeći uzorke nazofaringea. Sva ispitivanja otkrivanja imala su gotovo usporedivu performanse, s izuzetkom testa Sansure Biotech. Osim toga, niska stopa pozitivnosti identificirana je u testu Sansure Biotech u usporedbi s CRS -om (P <0,05). Osim toga, niska stopa pozitivnosti identificirana je u testu Sansure Biotech u usporedbi s CRS -om (P <0,05). Krome, a, a saansure Biotech bыllenlen nihikiй ryelent -atel. Pored toga, Sansure Biotech test pokazao je nizak postotak pozitivnih rezultata u usporedbi s CR -om (P <0,05).此外 ， 与 CRS 相比 ， sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。此外 ， 与 CRS 相比 ， sansure Biotech 检测的阳性率较低 (P <0,05)。 Krome, analili, sansure biotech imel bulee niзkiй jOvenь poloroitelьnnых rEзULYTATOT Pored toga, test Sansure Biotech imao je manju stopu pozitivnosti u usporedbi s CRS -om (P <0,05).SANSURE BioTech NCOV-2019 (RUO) analiza PPA, NPA i ukupnog sporazuma premašila je 93,5% s kohenskom snagom kappe vrijednosti slaganja od 0,925. Konačno, SanSure Biotech test (RUO) treba daljnju validaciju za uporabu u Etiopiji, a treba razmotriti dodatna istraživanja kako bi se procijenile tvrdnje pojedinih proizvođača.
Usporedni dizajn studije proveden je u četiri zdravstvene ustanove u Addis Ababi, bolnici Eka Kotebe, Centru za liječenje milenijskog crkve, Memorijalnoj bolnici ZEWOODITU i Specijalističkoj bolnici svetog Petra. Podaci su prikupljeni između 1. i 31. prosinca 2020. godine. Medicinske ustanove za ovu studiju namjerno su odabrane na temelju njihovog velikog broja slučajeva i dostupnosti glavnih centara za liječenje u gradu. Slično tome, instrumenti, uključujući ABI 7500 i Abbott M2000 PCR instrumente u stvarnom vremenu, odabrani su u skladu s preporukama proizvođača NAAT reagensa, a za ovu su studiju odabrana četiri kompleta za otkrivanje PCR-a, jer je većina laboratorija u Etiopiji koristila najmanje četiri od njih. Genski test, Abbott SARS-COV-2 test, SanSure Biotech test i SARS-COV-2 BGI test provedeni tijekom studije).
Ispitivanje za SARS-COV-2 provedeno je od 1. do 30. prosinca 2020. koristeći 3 ml virusnog transportnog medija (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, Kina) od pojedinaca koji su pod istragom za Covid-19 koji se odnose na EPHI. Nazofaringealni uzorci prikupljeni su od strane obučenih sakupljača uzoraka i poslani u Ephi u trostrukim paketima. Prije izolacije nukleinske kiseline, svakom uzorku je dodijeljen jedinstveni identifikacijski broj. Ekstrakcija se izvodi iz svakog uzorka odmah po dolasku pomoću metoda ručne i automatske ekstrakcije. Dakle, za automatsku ekstrakciju Abbotta M2000, 1,3 ml (uključujući 0,8 ml mrtvog volumena i volumen ulaza za ekstrakciju 0,5 ml) uzorka je ekstrahirano iz svakog uzorka i prošao kroz Abbott DNK sustav za pripremu uzoraka (Abbott Molecular Inc. Des Plaines, IL, USA). ) U cjelokupnom procesu (pretraživanje i otkrivanje) u stvarnom procesu uključena je serija od 96 [92 uzoraka, dvije kontrole detekcije i dvije kontrole ne-temca (NTC)] u ukupnom procesu (pretraživanje i otkrivanje) od dva kruga SARS-COV-2 (EUA). rudarstvo. Slično tome, za ručno ekstrakciju koristite iste uzorke (za automatsko ekstrakciju i otkrivanje). Tako je tijekom cijelog postupka 140 ul uzoraka alikvotirano i ekstrahirano korištenjem QIAAmp virusnog RNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Njemačka) u serijama od 24 (uključujući 20 uzoraka, dvije kontrole ispitivanja i dva NTC) u devet krugova. Ručno ekstrahirani eluati su pojačani i otkriveni pomoću ABI 7500 toplinskog ciklusa pomoću SARS-COV-2 BGI testa, testa Daan Gene i SanSure Biotech test.
Automatizirana izolacija i pročišćavanje virusne RNA SARS-COV-2 slijedi princip magnetskog zrnca pomoću reagensa za pripremu uzorka Abbott DNA. Inaktivacija uzoraka i solubilizacija virusnih čestica provodi se korištenjem deterdženta koji sadrži gvanidin izotiocijanat za denaturu proteina i inaktivaciju RNase. RNA se zatim odvaja od proteina razdvajanjem čvrste faze silicijumom, tj. Guanidinium sol i alkalni pH pufera za lizu potiču vezanje nukleinskih kiselina na silicijev dioksid (SiO2). Korak ispiranja uklanja preostale proteine ​​i krhotine kako bi se stvorio jasna otopina. Prozirna RNA izolirana je iz mikročestica na bazi silicijevog dioksida pomoću magnetskog polja instrumenta20,21. S druge strane, ručna izolacija i pročišćavanje RNA provodi se metodom spin stupaca pomoću centrifugiranja umjesto magnetskog stajališta i odvajanja mikročestica od eluenta.
Abbott test detekcije SARS-COV-2 u stvarnom vremenu (Abbott Molecular, Inc.) proveden je prema uputama proizvođača, koje su od WHO i FDA dobili EUA19,22. U ovom protokolu inaktivacija uzorka prije ekstrakcije izvedena je u vodenoj kupelji na 56 ° C tokom 30 minuta. Nakon inaktivacije virusa, ekstrakcija nukleinske kiseline izvedena je na Abbottovom M2000 SP instrumentu s 0,5 ml VTM -a pomoću Abbottovog M2000 DNK sustava za pripremu uzorka. Prema proizvođaču. Pojačanje i otkrivanje izvedeni su korištenjem Abbott M2000 RT-PCR instrumenta, a za RDRP i N gene izvedeno je dvostruko otkrivanje. ROX) i Vic P (vlasnička boja) za ciljanje i otkrivanje unutarnjih kontrola, omogućujući istodobno otkrivanje oba proizvoda za pojačavanje 19.
Metoda otkrivanja pojačanja ovog kompleta temelji se na jednostepenoj RT-PCR tehnologiji. Geni ORF1A/B i N odabrani su kao sačuvane regije tehnologije DAAN gena za otkrivanje pojačanja ciljane regije. Specifični prajmeri i fluorescentne sonde (N genske sonde označene s FAM, ORF1A/B sonde označene s VIC-om) dizajnirane su za otkrivanje SARS-COV-2 RNA u uzorcima. Konačni eluent i glavni smjese pripremljeni su dodavanjem 5 ul eluenta u 20 uL glavne miksa u konačni volumen od 25 µL. Pojačanje i otkrivanje izvedeni su istovremeno na PCR instrumentu ABI 750024 u stvarnom vremenu.
ORF1A/B i N geni otkriveni su korištenjem dijagnostičkog kompleta nukleinske kiseline SanSure NCOV-2019 (detekcija fluorescentnog PCR-a). Pripremite određene sonde za svaki ciljni gen odabirom FAM kanala za ORF1A/B regiju i ROX kanal za N gen. U ovaj komplet za ispitivanje dodaju se eluent i master mix reagensi na sljedeći način: Pripremite 30 ul master mix reagensa i 20 ul eluirani uzorak za otkrivanje/pojačavanje. PCR ABI 750025 u stvarnom vremenu korišten je za pojačavanje/otkrivanje.
SARS-COV-2 BGI test je fluorescentni RRT-PCR komplet u stvarnom vremenu za dijagnozu Coid-19. Ciljana regija nalazi se u ORF1A/B regiji SARS-COV-2 genoma, što je metoda otkrivanja jednog gena. Pored toga, ljudski domaćin gena β-aktin je interno regulirani ciljni gen. Glavna mješavina priprema se miješanjem 20 uL reagensa Master Mix i 10 ul ekstrahiranog uzorka RNA u ploči bušotine26. ABI 7500 fluorescentni kvantitativni PCR instrument u stvarnom vremenu korišten je za pojačavanje i otkrivanje. Sva pojačanja nukleinske kiseline, PCR uvjeti pokretanja za svako ispitivanje i tumačenje rezultata izvedeni su prema uputama odgovarajućeg proizvođača (tablica 3).
U ovoj komparativnoj analizi nismo koristili referentnu standardnu ​​metodu za određivanje postotnog sporazuma (pozitivan, negativan i ukupno) i druge parametre usporedbe za četiri analize. Svaka usporedba testa izvedena je s CRS -om, u ovoj je studiji CRS postavljen pravilom "bilo koji pozitivan", a rezultat je utvrđen, niti jednim testom, koristili smo najmanje dva podudarna rezultata ispitivanja. Pored toga, u slučaju prijenosa Coid-19, lažni negativni rezultati su opasniji od lažno pozitivnih rezultata. Stoga, reći „pozitivno“ što je to preciznije iz CRS rezultata, najmanje dva ispitivanja ispitivanja moraju biti pozitivna, što znači da će barem jedan pozitivni rezultat vjerojatno doći iz testa EUA. Dakle, od četiri rezultata ispitivanja, dva ili više rezultata ispitivanja koji daju isti rezultat smatraju se istinitim pozitivnim ili negativnim18,27.
Podaci su prikupljeni korištenjem strukturiranih obrazaca za ekstrakciju podataka, unosa podataka i analize provedeni su korištenjem Excel Statistic Software i SPSS verzije 23.0 za opisnu statistiku. Analizirani su pozitivni, negativni i ukupni postotak sporazuma, a KAPPA ocjena korišten je za određivanje stupnja slaganja svake metode s CRS -om. KAPPA vrijednosti tumače se na sljedeći način: 0,01 do 0,20 za blagi dogovor, 0,21 do 0,40 za opći sporazum, 0,41-0,60 za umjereni sporazum, 0,61-0,80 za veliki sporazum i 0,81-0,99 za potpuni sporazum28.
Etičko odobrenje dobiveno je sa Sveučilišta u Addis Ababi, a svi eksperimentalni protokoli za ovu studiju odobrili su odbor za znanstvenu etiku Etiopskog javnog zdravstvenog instituta. Referentni broj licence za EPHI etiku je EPHI/IRB-279-2020. Sve su metode primijenjene u skladu s preporukama i odredbama etiopskog nacionalnog sveobuhvatnih smjernica za liječenje Covid-19. Pored toga, pisani informirani pristanak dobiven je od svih sudionika studije prije sudjelovanja u studiji.
Svi podaci dobiveni ili analizirani u ovoj studiji uključeni su u ovaj objavljeni članak. Podaci koji podržavaju rezultate ove studije dostupni su od odgovarajućeg autora po razumnom zahtjevu.
Svjetska zdravstvena organizacija. Preporuke za strategije laboratorijskog ispitivanja za Coid-19: Privremene smjernice, 21. ožujka 2020. br. WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020.).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: All-in u praksi. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 Smart Dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: All-in u praksi.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. i Gurgulianis, Ki Inteligentna dijagnoza Coid-19 u odjelu za hitne slučajeve: sve u praksi.Muliou DS, Pantazopoulos I. i Gurgulyanis Ki Inteligentna dijagnoza Covid-19 u odjelima za hitne slučajeve: integracija krajnjeg do kraja u praksi. Stručnjak velečasni disanje. lijek. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Procjena Coidid19 ID sada EUA test. Mitchell, SL & St George, K. Procjena Coidid19 ID sada EUA test.Mitchell, SL i St. George, K. Procjena Coid19 ID sada EUA test.Mitchell SL i St. George K. Procjena Coid19 ID sada EUA test. J. Klinički. Virus. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratorijsko otkrivanje koronavirusne bolesti 2019 (COVID-19) u sumnjivoj ljudskoj bolesti. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (pristupljeno 15. kolovoza 2020.) (WHO, 2020.).
Udugama, B. i sur. COVID-19 dijagnoza: Bolesti i alati za testiranje. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. i sur. Uspostavljanje koledža patologa istočne, središnje i južne Afrike - Regionalna škola patologije Bliskog Istoka i Južne Afrike. Afrika. J. Lab. lijek. 9 (1), 1-8 (2020).
Etiopski institut za javno zdravstvo, Federalno Ministarstvo zdravlja. Privremena nacionalna strategija i smjernice za laboratorijsku dijagnozu Coid-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (pristupljeno 12. kolovoza 2020.) (Ephi, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, kao lažni negativni testovi za izazove i implikacije infekcije SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. i Kesselheim, kao lažni negativni testovi za izazove i implikacije infekcije SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim kao lažno negativni testovi za SARS-COV-2 infekcije i njihove posljedice.Voloshin S., Patel N. i Kesselheim kao lažno negativni testovi za provokaciju i utjecaj infekcije SARS-COV-2. N. Eng. J. Medicina. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki lažno pozitivni i lažno negativni Coid-19 slučajevi: strategije prevencije i upravljanja respiratorom, cijepljenje i daljnje perspektive. Mouliou, DS & Gourgoulianis, Ki lažno pozitivni i lažno negativni Coid-19 slučajevi: strategije prevencije i upravljanja respiratorom, cijepljenje i daljnje perspektive. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki LoжNopolorianNele iloorootrislelьNe-aid covid-19: RESIRANSAALAY VINAKINA I DALYNEFIE PERSPEKTIV. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Lažno pozitivni i lažno negativni slučajevi Coid-19: strategije prevencije i liječenja dišnog respirata, cijepljenje i put naprijed.Muliu, DS i Gurgulianis, Ki lažno pozitivni i lažno negativne slučajeve Coid-19: Strategije za prevenciju i liječenje respiratorije, cijepljenje i put naprijed. Stručnjak velečasni disanje. lijek. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Covid-19 dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: viđenje stabla, ali gubitak šume. Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Covid-19 dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: viđenje stabla, ali gubitak šume.Mouliou, DS, Ioannis, P. i Konstantinos, G. Covid-19 Dijagnoza u odjelu za hitne slučajeve: vidi stablo, izgubiti šumu.Muliou DS, Ioannis P. i Konstantinos G. Covid-19 dijagnoza u hitnim službama: nedovoljno šuma za drveće. Pojavi se. lijek. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. i sur. Validacija i validacija analitičkih i kliničkih performansi testa Abbott u stvarnom vremenu SARS-COV-2. J. Klinički. Virus. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Daestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Usporedba pet setova temeljnih premaza iz različitih regija genoma CoVID-19 za otkrivanje infekcije virusom konvencionalnim RT-PCR-om. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Daestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Usporedba pet setova temeljnih premaza iz različitih regija genoma Covid-19 za otkrivanje infekcije virusom konvencionalnom RT-PCR-om.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Daestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatunyan, B. Usporedba pet setova primera iz različitih regija genoma kovid-19 za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Daestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 用于通过常规 RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Daestanaki, D., Fazlalipour, M. i Aflatoonian, B. Usporedba 5 različitih genetskih regija Coid-19 za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Daestanaki D, Fazlalipour M. i Aflatunyan B. Usporedba pet setova primera iz različitih regija genoma Coid-19 za otkrivanje virusne infekcije konvencionalnim RT-PCR-om.Iran. J. Mikrobiologija. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. i sur. Preliminarni rezultati nacionalnog programa procjene vanjske kvalitete za otkrivanje SARS-COV-2 genoma. J. Klinički. Virus. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. i sur. Analitička procjena učinkovitosti pet RT-PCR kompleta za teški akutni respiratorni sindrom koronavirus 2. J. Klinički. laboratorija. Anus. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. i sur. Procjena sedam komercijalno dostupnih SARS-COV-2 RNA setova za otkrivanje RNA u Kini na temelju lančane reakcije polimeraze u stvarnom vremenu (PCR). Kliničko. Kemikalija laboratorija. lijek. 58 (9), E149 - E153 (2020).
Van Casteren, PB i sur. Usporedba sedam komercijalnih RT-PCR Coid-19 dijagnostičkih kompleta. J. Klinički. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu i sur. Usporedba dijagnostičkih performansi dva PCR kompleta za otkrivanje nukleinskih kiselina SARS-COV-2. J. Klinički. laboratorija. Anus. 34 (10), E23554 (2020).
Lefart, PR, itd. Usporedna studija platformi za ispitivanje nukleinske kiseline SARS-COV-2 (NAAT) pokazala je da je ID sada učinak značajno razgrađen ovisno o tipu pacijenta i uzorka. dijagnoza. mikrobiologija. Zaraziti. diss. 99 (1), 115200 (2021).
Abbott molekula. Abbott u stvarnom vremenu SARS-COV-2 Analiza paket. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (Od 10. kolovoza 2020.) (2020.).
Klein, S. i sur. Izolacija SARS-COV-2 RNA pomoću magnetskih zrnca za brzo otkrivanje velikih razmjera RT-qPCR i RT-Lamp. Virus 12 (8), 863 (2020).